El pasado lunes 4 de junio se llevó a cabo el sorteo de la segunda fase de la Copa CONMEBOL Sudamericana en la sede de la Confederación Sudamericana de Fútbol; El Presidente del club, el Dr. Jorge Barrera, asistió al evento que se desarrolló en Luque, Paraguay. 

El sorteo determinó que el rival de Peñarol en la segunda fase del certamen continental será el Atlético Paranaense de Brasil. El partido de ida de la serie se disputará  en el Estadio Joaquim Américo Guimarães, conocido como "Arena da Baixada" de la ciudad de Curitiba. El encuentro de vuelta se llevará a cabo en el Campeón del Siglo

Quién supere esta instancia accederá a los octavos de final, donde se cruzará con el ganador de la llave entre el Caracas de Venezuela y el Sport Huancayo de Perú.